GAbridge
Financijer: Hrvatska zaklada za znanost
Vrsta projekta: Istraživački projekt
Kod projekta: IP-2022-10-8926
Naziv projekta: Premošćivanje disciplinarnog jaza: integracija animalne genetike i arheologije u Hrvatskoj.
Ukupno tražena sredstva od HRZZ-a (EUR): 198.888,39.
Trajanje projekta: 20.12.2023. do 19.12.2027.
Ustanova u kojoj se izvodi projekt:
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet
prof. dr. sc. Ivica Kisić
Svetošimunska cesta 25, 10000 Zagreb, Hrvatska
Tel: +385 1 239 3779
Faks: +385 1 231 5300
E-mail: dekanat@agr.hr
Voditelj projekta:
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet
Zavod za opće stočarstvo
Laboratorij za arheogenetiku
prof. dr. sc. Vlatka Čubrić Čurik
Tel: +385 1 239 4008
E-mail: vcubric@agr.hr
Suradnici s Agronomskog fakulteta:
prof. dr. sc. dr. h. c. Ino Čurik
prof. dr. sc. Neven Antunac
izv. prof. dr. sc. Maja Ferenčaković
doc. dr. sc. Vladimir Brajković
dr. sc. Ivana Držaić
Vanjski suradnici:
dr. sc. Dinko Novosel, Veterinarski institut u Zagrebu
dr. sc. Strahil Ristov, Institut "Ruđer Bošković"
izv. prof. dr. sc. Rajna Šošić Klindžić, Sveučilište u Zagrebu, Filozofski fakultet
Maja Grgurić Srzentić, Sveučilište u Zadru
Maja Krznarić Škrivanko, Gradski muzej Vinkovci
Goran Tomac, Sveučilište u Zagrebu, Filozofski fakultet
Sažetak
Projekt Mendthegap je bila inovativna prilika da se poprave nedostaci u istraživačkom kapacitetu o prošlosti u Hrvatskoj u arheologiji i genetici te da se te dvije discipline približe. Održivost projekta Mendthegap je započela izgradnjom istraživačkih kapaciteta, odnosno osnivanjem Laboratorija za arheogenetiku Agronomskog fakulteta gdje je moguće raditi arheogenetičke analize. Budući je otključan latentan znanstveni potencijal u RH, projekt GAbridge bi donio direktne znanstvene rezultate o podrijetlu i prošlosti goveda u RH. Metode slijedeće-generacije sekvenciranja (NGS) i računalnih kapaciteta otvorili su veliki broj novih mogućnosti u različitim znanstvenim područjima (humanoj i veterinarskoj medicini, poljoprivredi, šumarstvu, ekologiji, računalnoj znanosti, pa čak i arheologiji. Ovdje smo okupili stručnjake iz molekularne genetike, populacijske genomike, uzgoja životinja, računalnih znanosti i arheologije kako bismo odgovorili na nekoliko tema vezanih uz populacijsku genomiku i biološku raznolikost (izmiješanost i populacijska struktura) te širenja goveda na našim prostorima kao najvažnije domaće životinje za razvoj čovječanstva. Analizom drevnih kostiju goveda (>12.000) godina poboljšali bismo naše razumijevanje o genomskim promjena u postupku domestikacije. Naš projektni prijedlog ima snažnu komponentu teorijskih dostignuća za procjenu genetske introgresije, efektivne veličine populacije i pojedinačnog umješavanja. Osim toga, NGS izvodit će se na drevnim govedima sa slijedećim ciljevima; (i) utvrditi genetsku raznolikost preživača u paleolitiku: razumijevanje genetike predomestikacije, (ii) doprinjeti razumijevanju procesa pripitomljavanja tijekom neolitizacije u Hrvatskoj; (iii)razrješiti kronologiju širenja goveda: grafovima rekombinacije predaka (iv) istražiti genetsko podrijetlo hrvatskih pasmina goveda te (v) premostiti disciplinarni jaz i uspostaviti dugoročnu suradnju arheologa i genetičara u cilju otključavanja prošlosti.
Teorijska utemeljenost i znanstveni doprinos projekta
Arheogenetika je mlada i ugledna znanstvena disciplina koja se pojavom sekvenciranja nove generacije (NGS) ubrzano razvija i čija su istraživanja često objavljena u najpoznatijim znanstvenim časopisima. Hrvatska je poznata po mnogobrojnim arheološkim nalazištima i obilju arheološkog materijala biološkog porijekla (kosti životinja i ljudi) čije su analize obogatile naše spoznaje o čovjekovoj prošlosti. Dobar primjer su kosti neandertalca iz Vindije. Započeli smo 2016. godine na natječaju H2020-TWINN-2015: Širenje izvrsnosti i suradnje osvojili smo prvo mjesto od 535 prijavljenih projekata te krenuli s projektom MendtheGap – Pametna integracija genetike sa znanostima o prošlosti u Hrvatskoj: uočavanje i premošćivanje jaza. Ovaj projekt zamišljen je kako bi se prevladale i popravile sve prisutne “praznine” te omogućilo pametno korištenje postojećih mogućnosti jačanjem istraživačkih aktivnosti znanosti o prošlosti u Hrvatskoj i šire, jer slična skupina u regiji ne postoji. Izgradnja i osnivanje laboratorija za arheogenetiku stvara preduvjete znanstvene izvrsnosti u području arheogenetike u regiji koja nas čini atraktivnim, poželjnim partnerom u budućim prijavama na znanstvene projekte EU, a što je sukladno sa strategijom pametne specijalizacije Republike Hrvatske. Općenito, osposobljavanje za rad u arheogenetici predstavlja demonstraciju znanja i vještina i dokaz su znanstvene izvrsnosti koja podiže edukaciju u ostalim disciplinama primijenjene genetike (humana i veterinarska medicina, poljoprivreda, šumarstvo, biologija, itd.) na višu razinu. Započeli smo 2016. godine na natječaju H2020-TWINN-2015 i Mendthegap-om te nastavili s radom putem projekta izgradnje laboratorija kako bi održali ovu interdisciplinarnu ideju. S namjerom provođenja vrhunskih znanstvenih istraživanja i uspostave znanstvene suradnje između genetičara i znanstvenika koji proučavaju prošlost (arheolozi, geolozi, biolozi itd.), cilj ovog projekta je egzaktno putem interdisciplinarnog te holističkog pristupa otključati prošlost goveda prije i nakon domestikacije na našim prostorima što će donijeti mnoga nova saznanja i arheološkim istraživanjima tih razdoblja.
Metodologija
Premošćivanje disciplinarnog jaza: integracija animalne genetike i arheologije u Hrvatskoj će se odvijati u 6 odvojenih radnih paketa (WPs) koji predstavljaju velike jedinice s jednim ili nekoliko ciljeva.
- WP1. Genetska raznolikost goveda u paleolitiku: razumijevanje genetike predomestikacije
Voditelj: Vlatka Čubrić Čurik
ko-voditelj: Maja Krznarić Škrivanko
Mentor: Preston Miracle
Suradnici koji sudjeluju u paketu: Ino Čurik, Ivana Držaić, Vladimir Brajković, doktorand
Hrvatska je poznata po bogatim zoo-arheološkim ostacima (uglavnom kostima) životinja (Miracle and Brajković, 1992; Miracle i sur., 2010; Lenardić i sur., 2017) iz različitih faza procesa domestikacije (prije domestikacije, u ranoj i kasnijoj fazi domestikacije). Analiza u sklopu projekta «Arheogenetika» pridonijeti će boljem razumijevanju procesa domestikacije, osobito kada se Hrvatska nalazi na glavnim migracijskim putevima od bliskog istoka prema Europi (Zilihao 2001; Beja-Pereira i sur., 2006). Postoje dvije suprotstavljene hipoteze, jedna koja podržava migraciju domesticiranih životinja uključujući križanje domaćih i divljih životinja (Loftus i sur., 1999; Cymbrion i sur., 2005) i druga koja podržava kompleksnost procesa domestikacije uključujući i inbreeding domaćih i divljih životinja (Beja-Pereira i sur., 2006). Dakle, obzirom na domestikaciju goveda očekujemo pronalazak tragova mitogenoma populacije drevnog aurocha koji je nekad obitavao na našim područjima. U ovom radnom paketu ekstrahirat će se aDNA uglavnom od auroha i goveda prije domestikacijskih procesa, a u odabiru uzoraka s zooarheološke strane će nam pomoći i ugledni zooarheolog sa St. Johns Sveučilišta u Cambridgeu. Tu očekujemo i značajnu pomoć naših muzeologa u projektu. Ekstrakcija aDNA od početnih 100 uzoraka provest će se klasičnom fenol kloroform metodom sa prethodnim fizčkim čišćenjem uzoraka. Posebno će se paziti na kontaminaciju. Počet će se sa 50 uzoraka gdje se nadamo imati uspješno 20 do 30 izoliranih aDNA. Upotrebom “capture enrichment method” (Maricic i sur. 2010), pripremit će se mtDNA biblioteka za NGS sekvenciranje. Od 20-30 aDNA, očekujemo barem 15 biblioteka da bi nakon NGS sekvenciranja imali 5-10 cijelih mitogenoma. Dobivene sekvence će se usporediti sa onima iz genetskih repositorija uporabom različitih softwera kao što su: Clustal Omega (Sievers i sur., 2011), MEGA 7 (Kumar i sur., 2016), Network version 5.0.0.3. (Bandelt i sur., 1999), PopArt (Leigh and Bryant 2015), Galaxy platform (Afgan i sur., 2016), Mitotoolpy (Peng i sur., 2015) kao i SAS software version 9.3 (SAS Institute, Cary, North Carolina, USA). Sastavit će se velika baza mitogenoma. Koristit će se BEAST 2 (Bouckaert i sur., 2014), program za Bayesien filogenetske analize (Rieux and Khatchikian 2017). Program procijenjuje zakorijenjenju (Duchêne i sur., 2011), (Rieux and Khatchikian 2017) vremenski mjerenu filogenezu upotrebom “strict” ili “relaxed” molekularnih clock modela. BEAST2 koristi Markov chain Monte Carlo (MCMC) metodu tako da je svako stablo proporcionalno određeno prema njegovoj posterior vjerojatnosti.
- WP2. Razumijevanje procesa pripitomljavanja tijekom neolitizacije: dokazi iz drevne DNA
Voditelj: Ivana Držaić
Ko-voditelj: Rajna Šošić Klindžić
Mentor: Hrvoje Vulić, Preston Miracle, Johann Soelkner
Suradnici koji sudjeluju u paketu: Ino Čurik, Vladimir Brajković, Maja Grgurić Srzentić, Maja Ferenčaković, Neven Antunac, doktorand
U ovom radnom paketu za razliku od prethodnog ekstrahirat će se aDNA uglavnom od goveda nakon domestikacijskih procesa, a u odabiru uzoraka će nam pomoći kolega Hrvoje Vulić za neolitik te kolega Johann Soelkner za Adametzovu kolekciju-koja pretstavlja goveda zadnjih 100-200 godina kada su se formirale pasmine. Tu očekujemo i značajnu pomoć naših muzeologa u projektu. U ovom radnom paketu će se koristiti ista metodologija ekstrakcije aDNA kao i historijske DNA (Adametzova kolekcija) (ukupno od 100 uzoraka) klasičnom fenol kloroform metodom kao u prethodno opisanom paketu. Analize će se raditi u Laboratoriju za arheogenetiku Agronomskog fakulteta. Također na već opisani način će se koristiti “capture enrichment“ metoda i sekvenciranje cijelog genoma kao što je gore navedeno. Te će sukladno tome raditi i bioinformatičke analize.
- WP3. Grafikoni rekombinacije predaka: rješavanje kronologije
Voditelj: Dinko Novosel
Ko-voditelj: Maja Ferenčaković
Mentor: Gregor Gorjanc
Suradnici koji sudjeluju u paketu: Ino Čurik, Vladimir Brajković, Stasa Ristov, doktorand, poslijedoktorand
U ovom istraživanju uvest će se uporaba Ancestral Recombination Graphs (ARG) kao zajednička genetička platforma između genetike životinja i arheologije. Kolega Gregor Gorjanc je nedavno započeo s razvojem istraživanja u ovoj domeni. To je važno za uzgojne planove u udaljenim srodnim populacijama. Naime, u životinjskom uzgoja, imamo više pasmina s različitim razinama genetske srodnosti zbog populacije zajedničkih predaka. Ove populacije predaka današnjih životinjskih pasmina su živjeli u različitim vremenskim točkama u prošlosti, a grafovi rekombinacije predaka su idealni koncept povezivanja svih ovih populacija. Grafikoni rekombinacije predaka također su ključni objekt u populacijskoj genetici kao i arheogenetici, koja je u brzom porastu. Budući da su ansestralni rekombinacijski grafovi ključ za buduća istraživanja u obje domene, iz simuliranih i stvarnih podataka na sekvencama cijelog genoma, tako ćemo moći donositi zaključke o genetskoj povezanosti između uzoraka tijekom vremena putanjom Ancestral Recombination Graphs – to jest, sadašnjih i starih uzoraka.
- WP4. Istražiti genetsko podrijetlo hrvatskih pasmina goveda
Voditelj: Vladimir Brajković
Ko-voditelj: Ino Čurik
Mentor: Johann Soelkner, Gregor Gorjanc
Suradnici koji sudjeluju u paketu: Vlatka Čubrić Čurik, Vladimir Brajković, Maja Ferenčaković, Ivana Držaić, Neven Antunac, doktorand, poslijedoktorand
U ovom radnom paketu će se analizirati sekvence za hrvatske autohtone pasmine goveda iz bečke Adametzove kolekcije. Ukupan broj će ovisi o uspješnosti ekstrahirane DNA. Koristit će se već postojeće genomske baze modernih goveda koje ima pripremljene kolega Gregor Gorjanc s Roslin Inst, Edinburgh. Dobivene sekvence će se analizirati za karakteristične dijelove genoma i SNP-ove te će se učinkovito koristiti za: (i) u procijeni statusa očuvanja populacije tj. U procijeni razine inbreedinga (Ferenčaković i sur., 2013 a,b, Čurik i sur., 2014), različitih efektivnih veličina populacije (Santiago i sur., 2020; Mészáros i sur., 2015; Rodríguez-Ramilo i sur., 2015; Wang, 2016) genetsku različitosti (Gautier i sur., 2010; Kijas i sur., 2014), (ii) u utvrđivanju osobitosti strukture populacije (Decker i sur., 2014,) i umješavanja (Frkonja i sur., 2012; Khayatzadeh i sur., 2016), i (iii) u utvrđivanju genomski regija odgovornih za prilagodbu (Sabeti i sur., 2002; Qanbari i sur., 2012; Utsunomiya i sur., 2012). Procjena svih tih genomskih parametara je važna u odabranim populacijama jer pruža referencu koja je preduvjet za buduće upravljanje biološkom raznolikošću. Posebna pažnja kod analize uzoraka biti će usporedba hrvatskih modernih pasmina s genotipovima uzoraka iz prošlosti (paleolitik, neolitik, historijski uzorci).
- WP5. Integracija genetike životinja s arheološkim dokazima
Voditelj: Rajna Šošić Klindžić
Ko-voditelj: Ino Čurik
Mentor: Preston Miracle, Hrvoje Vulić
Suradnici koji sudjeluju u paketu: Vlatka Čubrić Čurik, Vladimir Brajković, Maja Ferenčaković, Ivana Držaić, Neven Antunac, Goran Tomac, Maja Grgurić Srzentić, Maja Krznarić Škrivanko, doktorand, poslijedoktorand
U ovom projektu smo okupili MIT disciplinski (Stock and Burton, 2011) tim hrvatskih znanstvenika koji pružaju stručnost u molekularnoj genetici (Vlatka Čubrić Čurik, Vladimir Brajković, Ivana Držaić), populacijskoj genomici i (Ino Čurik, Maja Ferenčaković), primijenjeni uzgoj životinja (Maja Ferenčaković, Ino Čurik, Neven Antunac, Dinko Novosel), računalna znanost (Strahil Ristov) i arheologija (Rajna Šošić Klindžić, Goran Tomac, Maja Krznarić Škrivanko, Maja Grgurić Srzentić). Dok većina tima ima kolaborativno iskustvo iz prethodnih i drugih projekata, novi doktorand i jedan postdoktorand će biti osposobljeni za analize NGS-a. Konzultanti u projektu će pridonijeti dodatno svojim savjetima u različitim aspektima projekta od arheologije neolitika Hrvoje Vulić, zooarheologije Preston Miracle, populacijske genetike Johann Soelkner i kvantitativne genetike Gregor Gorjanc. U okviru projekta biti će dvije radionice za približavanje genetike arheolozima i arheologije genetičarima. Na taj način približit ćemo dvije discipline i stvoriti novu vrijednost na konkretnim dokazima na našim sekvenciranim govedima, sve to staviti u arheološki kontekst te pridonijeti otključavanju prošlosti goveda na našim prostorima.
- WP6. Diseminacija i projektni menadžment
Voditelj: Vlatka Čubrić Čurik
Ko-voditelj: Maja Grgurić Srzentić
Suradnici koji sudjeluju u paketu: Vladimir Brajković, Maja Ferenčaković, Ivana Držaić, Neven Antunac, Goran Tomac, Maja Krznarić Škrivanko, Rajna Šošić Klindžić , doktorand, poslijedoktorand
Budući se WP6 odnosi na edukaciju, diseminaciju i projektni menadžment oni su transparentni i ne treba ih objašnjavati.
Plan upravljanja projektom
Gabridge projekt zamišljen je kao multitransinterciplinaran projekt koji obuhvaća kompetencije i znanstvenoistraživačke aktivnosti podijeljene u tri skupine suradnika: a) arheolozi, b) genetičari, i c) informatičari. Suradenici arheolozi nužni su u determinaciji zoo-arheoloških ostataka pra goveda iz nalazišta diljem Hrvatske, koja se nalazi na glavnim migracijskim putevima od Bliskog istoka prema Europi, a od izričite važnosti za razumijevanje domestikacijksih procesa. Veliko iskustvo kolega arheologa (Rajna Šošić Klindžić, Goran Tomac, Maja Krznarić Škrivanko, Maja Grgurić Srzentić) uz nadzor profesora Prestona Miracla sa Sveuučilišta u Cambridgu i konzultanta kustosa Hrvoja Vulića iz Gradskog muzeja Vinkovci, omogućit će morfološku i morfometrijsku determinaciju izumrlih primigenih goveda, interpretacija rezultata u arheološkom kontekstu te ciljanji odabir uzoraka za izolaciju DNA. Za precizno izdvajanje dijela kosti uz što manje invazivnu metodu te izolaciju DNA, pobrinut će se kolege genetičari, Ivana Držaić, Vladimir Brajković i ja, osobno. Iskustvo stečeno u Institutu Fondazione Edmun Mach, Trento, Italija pod vodstvom dr. Cristiana Vernesija, zatim iskustvo iz GeoGentics centra pod vodstvom profesora Eske Willerslev te naposljetku iskutvo u našem nedavno otvorenom Laboratoriju za arheogenetiku Sveučilišta u Zagrebu Agronomskog fakulteta, uveliko će pomoći za sistematičan proces izolacije DNA u uvjetima čistog prostora te pripreme bibiliteka za sekvenciranje genoma i mitogenoma. Također, na ključna pitanja populacijske genomike koja se bavi proučavanje genetičke strukture populacija odnosno analize učestalosti gena i genotipova u prirodnim populacija te proučavanje asocijacijskih studija u razumijevanju genetske evolucije složenih fenotipskih svojstva u okviru kvantitativne genomike, odgovore će dati kolege gentičari Ino Čurik i Maja Ferenčaković uz konzultanta za populacijsku genomiku profesora Johan Soelknera (Sveučilište prirodnih resursa i znanosti o životu u Beču) te konzultanta za kvantitativnu genomiku dr. Gregor Gorjanca (Roslin Institut, Edinburgh). Bioinformatička analiza genoma, za daljnje populacijsko-kvantitativne analize, zahtijevaja potrebu za velikim računalnim kapacitetima, ali i algoritmima koji ubrzavaju i maksimalno iskorištavaju spomenute kapacitete. Za ovaj dio izazova iz područja području računarstva, posebice metodama strojnog učenja i dubinske analize podataka, bio bi zadužen dr. Strahil Ristov sa Zavoda za elektroniku Instituta Ruđer Bošković. Upravljanje grupom je predviđeno u koordinacijom s voditeljima paketa te redovitim sastancima kako bi slijed analiza pratio radni plan projekta. Važno je za napomenuti kako je koordinacija suradnika u paketu WP1 i WP2 od velike važnosti za stvaranje temelja projekta, jer se tiču odabira uzorka kosti, osiguranja rezervnih uzoraka sličnog konteksta (metoda pokušaj i proba zbog moguće razgrađene DNA) i procesa od izolacije do sekcenciranja arheo DNA, što će omogućiti daljnje populacijsko-kvantitativne anlize. Posebna pažnja i redoviti sastanci će se osigurati za koordinaciju spomenutih paketa. Diseminacija rezultata projekta provodit će se aktivnim sudjelovanjem na međunarodnim koferencijama i objavnom znanstvenih publikacija po predviđenom radnom planu. Cilj projekta je svakako i usavršavanja doktoranda, poslijedoktoranda ili suradnika prisustvovanjem na tečaju i/ili treningu na Sveučilištu u Kopenhagenu ili Sveučilište u Edinburgu, što nam je i strateški cilj za razvoj arheogenetike u Hrvatskoj. Buduće analize predviđene ovim projektom u nedavno otvorenom Laboratoriju za arheogentiku Sveučilišta u Zagrebu Agronomskog fakulteta iziskuju nabavu nove opreme, poput Dremel brusilica i određenog potrošnog materijala kako bi se analize mogle obavljati prema najnovijim protokolima. Previdili smo i nužan servis, održavanje i nadogradnju instrumenata poput PCR-a, centrifuge, radne stanice, ali i jako važan servis HVAC klima komore i HEPA filtera koji osiguravaju čiste uvjete i podtlak (sprejčavanje kontaminacije) u Laboratoriju za arheogenetiku.
Reference
Achilli, A., Olivieri, A., Pellecchia, M., Uboldi, C., Colli, L., Al-Zahery, N., Accetturo, M., Pala, M., Kashani, B.H., Perego, U.A., i sur. (2008). Mitochondrial genomes of extinct aurochs survive in domestic cattle. Curr. Biol. 18, R157–R158.
Edwards, C.J., Bollongino, R., Scheu, A., Chamberlain, A., Tresset, A., Vigne, J.D., Baird, J.F., Larson, G., Ho, S.Y., Heupink, T.H., i sur. (2007). Mitochondrial DNA analysis shows a Near Eastern Neolithic origin for domestic cattle and no indication of domestication of European aurochs. Proc. Biol. Sci. 274, 1377–1385.
Edwards CJ, Magee DA, Park SD, McGettigan PA, Lohan AJ, Murphy A, i sur. (2010). A complete mitochondrial genome sequence from a mesolithic wild aurochs (Bos primigenius). PLoS One 5, e9255.
Frantz, L.A.F., Bradley, D.G., Larson, G., and Orlando, L. (2020). Animal domestication in the era of ancient genomics. Nat. Rev. Genet. 21, 449-460.
Helmer, D., Gourichon, L., Monchot, H., Peters, J., and Segui, M. (2005). The first steps of animal domestication: new archaeozoological approaches. J.-D. Vigne, D. Helmer, J. Peters, Eds. (Oxford: Oxbow Books), pp. 86–95.
Larson, G., and Burger, J.A. (2013). A population genetics view of animal domestication. Trends Genet., 29, 197–205. Mannen, H., Yonezawa, T., Murata, K., Noda, A., Kawaguchi, F., Sasazaki, S., Olivieri, A., Achilli, A., and Torroni, A. (2020). Cattle mitogenome variation reveals a post-glacial expansion of haplogyoup P and an early incorporation into nearest Asian domestic herds. Sci. Rep. 10, 20842.
Orlando, L. (2015). The first aurochs genome reveals the breeding history of British and European cattle. Genome Biol. 16, 225.
Park. S., Magee, D., McGettigan, P., Teasdale, M., Edwards, C., Lohan, A.J., Murphy, A., Braud, M., Donghue, M.T., Liu, Y., i sur. (2015). Genome sequencing of the extinct Eurasian wild aurochs, Bos primigenius, illuminates the phylogeography and evolution of cattle. Genome Biol. 16, 234.
Stockstad, E. (2015). Bringing back the aurochs. Science 350, 1144–1147.
Verdugo, M.P., Mullin, V.E., Scheu, A., Mattiangeli, V., Daly, K.G., Maisano Delser, P., Hare, A.J., Burger, J., Collins, M.J., Kehati, R., i sur. (2019). Ancient cattle genomics, origins, and rapid turnover in the Fertile Crescent. Science 365, 173–176.
Trut, L., Oskina, I., and Kharlamova, A. (2009). Animal evolution during domestication: the domesticated fox as a model. Bioessays 31, 349–360. doi: 10.1002/bies.200800070
Achilli, A., Bonfiglio, S., Olivieri, A., Malusà, A., Pala, M., Kashani, B. H., Perego, U. A., Ajmone-Marsan, P., Liotta, L., Semino, O., Bandelt, H. J., Ferretti, L., & Torroni, A. (2009). The multifaceted origin of taurine cattle reflected by the mitochondrial genome. PLoS One, 4(6), e5753. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0005753
Achilli, A., Olivieri, A., Pellecchia, M., Uboldi, C., Colli, L., Al-Zahery, N., Accetturo, M., Pala, M., Kashani, B. H., Perego, U. A., Battaglia, V., Fornarino, S., Kalamati, J., Houshmand, M., Negrini, R., Semino, O., Richards, M., Macaulay, V., Ferretti, L., … Torroni, A. (2008). Mitochondrial genomes of extinct aurochs survive in domestic cattle. Current Biology, 18(4), R157– R158. https://doi.org/10.1016/j.cub.2008.01.019
Afgan, E., Baker, D., Batut, B., van den Beek, M., Bouvier, D., Čech, M., Chilton, J., Clements, D., Coraor, N., Grüning, B. A., Guerler, A., Hillman-Jackson, J., Hiltemann, S., Jalili, V., Rasche, H., Soranzo, N., Goecks, J., Taylor, J., Nekrutenko, A., & Blankenberg, D. (2018). The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update. Nucleic Acids Research, 46(W1), W537– W544. https://doi.org/10.1093/nar/gky379
Ajmone-Marsan, P., Garcia, J. F., & Lenstra, J. A. (2010). On the origin of cattle: How aurochs became cattle and colonized the world. Evolutionary Anthropology: Issues, News, and Reviews, 19(4), 148– 157. https://doi.org/10.1002/evan.20267
Bailey, J. F., Richards, M. B., Macaulay, V. A., Colson, I. B., James, I. T., Bradley, D. G., Hedges, R. E. M., & Sykes, B. C. (1996). Ancient DNA suggests a recent expansion of European cattle from a diverse wild progenitor species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 263(1376), 1467– 1473.
Bandelt, H. J., Forster, P., & Röhl, A. (1999). Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies. Molecular Biology and Evolution, 16(1), 37– 48. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036
Bonfiglio, S., Achilli, A., Olivieri, A., Negrini, R., Colli, L., Liotta, L., Ajmone-Marsan, P., Torroni, A., & Ferretti, L. (2010). The enigmatic origin of bovine mtDNA haplogroup R: sporadic interbreeding or an independent event of Bos primigenius domestication in Italy? PLoS One, 5(12), e15760. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015760
Bouckaert, R., Vaughan, T. G., Barido-Sottani, J., Duchêne, S., Fourment, M., Gavryushkina, A., Heled, J., Jones, G., Kühnert, D., De Maio, N., Matschiner, M., Mendes, F. K., Müller, N. F., Ogilvie, H. A., du Plessis, L., Popinga, A., Rambaut, A., Rasmussen, D., Siveroni, I., … Drummond, A. J. (2019). BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis. PLoS Computational Biology, 15(4), e1006650.
Bradley, D. G., MacHugh, D. E., Cunningham, P., & Loftus, R. T. (1996). Mitochondrial diversity and the origins of African and European cattle. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 93(10), 5131– 5135. https://doi.org/10.1073/pnas.93.10.5131
Bro-Jørgensen, M. H., Carøe, C., Vieira, F. G., Nestor, S., Hallström, A., Gregersen, K. M., Etting, V., Gilbert, T. M. P., & Sinding, M. H. S. (2018). Ancient DNA analysis of Scandinavian medieval drinking horns and the horn of the last aurochs bull. Journal of Archaeological Science, 99, 47– 54. https://doi.org/10.1016/j.jas.2018.09.001
Bushnell, B. (2014). BBTools software package. https://sourceforge.net/projects/bbmap
Carneiro, M., Rubin, C. J., Di Palma, F., Albert, F. W., Alföldi, J., Barrio, A. M., Pielberg, G., Rafati, N., Sayyab, S., Turner-Maier, J., Younis, S., Afonso, S., Aken, B., Alves, J. M., Barrell, D., Bolet, G., Boucher, S., Burbano, H. A., Campos, R., … Andersson, L. (2014). Rabbit genome analysis reveals a polygenic basis for phenotypic change during domestication. Science, 345(6200), 1074– 1079.
Chen, N., Cai, Y., Chen, Q., Li, R., Wang, K., Huang, Y., Hu, S., Huang, S., Zhang, H., Zheng, Z., Song, W., Ma, Z., Ma, Y., Dang, R., Zhang, Z., Xu, L., Jia, Y., Liu, S., Yue, X., … Lei, C. (2018). Whole-genome resequencing reveals world-wide ancestry and adaptive introgression events of domesticated cattle in East Asia. Nature Communications, 9(1), 2337. https://doi.org/10.1038/s41467-018-04737-0
Crowther, A., Prendergast, M. E., Fuller, D. Q., & Boivin, N. (2018). Subsistence mosaics, forager-farmer interactions, and the transition to food production in eastern Africa. Quaternary International, 489, 101– 120. https://doi.org/10.1016/j.quaint.2017.01.014
Dean, S., Pappalardo, M., Boschian, G., Spada, G., Forenbaher, S., Juračić, M., Felja, I., Radić, D., & Miracle, P. T. (2020). Human adaptation to changing coastal landscapes in the Eastern Adriatic: Evidence from Vela Spila cave, Croatia. Quaternary Science Reviews, 244, 106503. https://doi.org/10.1016/j.quascirev.2020.106503
Decker, J. E., McKay, S. D., Rolf, M. M., Kim, J., Alcalá, A. M., Sonstegard, T. S., Hanotte, O., Gotherstrom, A., Seabury, C. M., Praharani, L., Babar, M. L., de Almeida Regitano, L. C., Yildiz, M. A., Heaton, M. P., Liu, W. S., Lei, C. Z., Reecy, J. M., Saif-Ur-Rehman, M., Schnabel, R. D., & Taylor, J. F. (2014). Worldwide patterns of ancestry, divergence, and admixture in domesticated cattle. PLoS Genetics, 10(3), e1004254. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004254
Di Lorenzo, P., Lancioni, H., Ceccobelli, S., Colli, L., Cardinali, I., Karsli, T., Capodiferro, M. R., Sahin, E., Ferretti, L., Ajmone Marsan, P., Sarti, F. M., Lasagna, E., Panella, F., & Achilli, A. (2018). Mitochondrial DNA variants of Podolian cattle breeds testify for a dual maternal origin. PLoS One, 13(2), e0192567. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0192567
Drummond, A. J., Ho, S. Y., Phillips, M. J., & Rambaut, A. (2006). Relaxed phylogenetics and dating with confidence. PLoS Biology, 4(5), e88. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040088
Drummond, A. J., Suchard, M. A., Xie, D., & Rambaut, A. (2012). Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Molecular Biology and Evolution, 29(8), 1969– 1973. https://doi.org/10.1093/molbev/mss075
Edwards, C. J., Bollongino, R., Scheu, A., Chamberlain, A., Tresset, A., Vigne, J. D., Baird, J. F., Larson, G., Ho, S. Y. W., Heupink, T. H., Shapiro, B., Freeman, A. R., Thomas, M. G., Arbogast, R. M., Arndt, B., Bartosiewicz, L., Benecke, N., Budja, M., Chaix, L., … Burger, J. (2007). Mitochondrial DNA analysis shows a Near Eastern Neolithic origin for domestic cattle and no indication of domestication of European aurochs. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 274(1616), 1377– 1385.
Edwards, C. J., Magee, D. A., Park, S. D. E., McGettigan, P. A., Lohan, A. J., Murphy, A., Finlay, E. K., Shapiro, B., Chamberlain, A. T., Richards, M. B., Bradley, D. G., Loftus, B. J., & MacHugh, D. E. (2010). A complete mitochondrial genome sequence from a mesolithic wild aurochs (Bos primigenius). PLoS One, 5(2), e9255. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009255
Excoffier, L., & Lischer, H. E. L. (2010). Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Molecular Ecology Resources, 10(3), 564– 567. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x
Felius, M., Beerling, M. L., Buchanan, D. S., Theunissen, B., Koolmees, P. A., & Lenstra, J. A. (2014). On the history of cattle genetic resources. Diversity, 6(4), 705– 750. https://doi.org/10.3390/d6040705
Frantz, L. A., Bradley, D. G., Larson, G., & Orlando, L. (2020). Animal domestication in the era of ancient genomics. Nature Reviews Genetics, 21(8), 449– 460. https://doi.org/10.1038/s41576-020-0225-0
Gifford-Gonzalez, D., & Hanotte, O. (2011). Domesticating animals in Africa: Implications of genetic and archaeological findings. Journal of World Prehistory, 24(1), 1– 23. https://doi.org/10.1007/s10963-010-9042-2
Gignoux, C. R., Henn, B. M., & Mountain, J. L. (2011). Rapid, global demographic expansions after the origins of agriculture. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 108(15), 6044– 6049. https://doi.org/10.1073/pnas.0914274108
Götherström, A., Anderung, C., Hellborg, L., Elburg, R., Smith, C., Bradley, D. G., & Ellegren, H. (2005). Cattle domestication in the Near East was followed by hybridization with aurochs bulls in Europe. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 272(1579), 2345– 2351.
Grau, E. T., Charles, M., Féménia, M., Rebours, E., Vaiman, A., & Rocha, D. (2020). Survey of mitochondrial sequences integrated into the bovine nuclear genome. Scientific Reports, 10(1), 2077. https://doi.org/10.1038/s41598-020-59155-4
Hasegawa, M., Kishino, H., & Yano, T. A. (1985). Dating of the human-ape splitting by a molecular clock of mitochondrial DNA. Journal of Molecular Evolution, 22(2), 160– 174. https://doi.org/10.1007/BF02101694
Helmer, D., Gourichon, L., Monchot, H., Peters, J., & Segui, M. S. (2005). Identifying early domestic cattle from Pre-Pottery Neolithic sites on the Middle Euphrates using sexual dimorphism. In J. D. Vigne, J. Peters, & D. Helmer (Eds.), The first steps of animal domestication: New archaeozoological approaches (pp. 86– 95). Oxbow Books.
Horsburgh, K. A., Prost, S., Gosling, A., Stanton, J. A., Rand, C., & Matisoo-Smith, E. A. (2013). The genetic diversity of the Nguni breed of African Cattle (Bos spp.): Complete mitochondrial genomes of haplogroup T1. PLoS One, 8(8), e71956.
Isarin, R. F. B., & Renssen, H. (1999). Reconstructing and modelling Late Weichselian climates: The Younger Dryas in Europe as a case study. Earth-Science Reviews, 48(1–2), 1– 38. https://doi.org/10.1016/S0012-8252(99)00047-1
Jukes, T. H., & Cantor, C. R. (1969). Evolution of protein molecules. In H. N. Munro (Ed.), Mammalian protein metabolism, III (pp. 21– 132). Academic Press. https://doi.org/10.1016/B978-1-4832-3211-9.50009-7
Kim, J., Hanotte, O., Mwai, O. A., Dessie, T., Bashir, S., Diallo, B., Agaba, M., Kim, K., Kwak, W., Sung, S., Seo, M., Jeong, H., Kwon, T., Taye, M., Song, K. D., Lim, D., Cho, S., Lee, H. J., Yoon, D., … Kim, H. (2017). The genome landscape of indigenous African cattle. Genome Biology, 18(1), 34. https://doi.org/10.1186/s13059-017-1153-y
Kim, K., Kwon, T., Dessie, T., Yoo, D. A., Mwai, O. A., Jang, J., Sung, S., Lee, S. B., Salim, B., Jung, J., Jeong, H., Tarekegn, G. M., Tijjani, A., Lim, D., Cho, S., Oh, S. J., Lee, H.-K., Kim, J., Jeong, C., … Kim, H. (2020). The mosaic genome of indigenous African cattle as a unique genetic resource for African pastoralism. Nature Genetics, 52(10), 1099– 1110. https://doi.org/10.1038/s41588-020-0694-2
Kimura, M. (1980). A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Journal of Molecular Evolution, 16(2), 111– 120. https://doi.org/10.1007/BF01731581
Koboldt, D. C., Zhang, Q., Larson, D. E., Shen, D., McLellan, M. D., Lin, L., Miller, C. A., Mardis, E. R., Ding, L., & Wilson, R. K. (2012). VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing. Genome Research, 22(3), 568– 576. https://doi.org/10.1101/gr.129684.111
Kosakovsky Pond, S. L., Frost, S. D. W., & Muse, S. V. (2005). HyPhy: Hypothesis testing using phylogenies. Bioinformatics, 21(5), 676– 679. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti079
Kosakovsky Pond, S. L., Posada, D., Gravenor, M. B., Woelk, C. H., & Frost, S. D. (2006a). Automated phylogenetic detection of recombination using a genetic algorithm. Molecular Biology and Evolution, 23(10), 1891– 1901. https://doi.org/10.1093/molbev/msl051
Kosakovsky Pond, S. L., Posada, D., Gravenor, M. B., Woelk, C. H., & Frost, S. D. (2006b). GARD: A genetic algorithm for recombination detection. Bioinformatics, 22(24), 3096– 3098. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl474
Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution, 33(7), 1870– 1874. https://doi.org/10.1093/molbev/msw054
Lanave, C., Preparata, G., Sacone, C., & Serio, G. (1984). A new method for calculating evolutionary substitution rates. Journal of Molecular Evolution, 20(1), 86– 93. https://doi.org/10.1007/BF02101990
Lari, M., Rizzi, E., Mona, S., Corti, G., Catalano, G., Chen, K., Vernesi, C., Larson, G., Boscato, P., De Bellis, G., Cooper, A., Caramelli, D., & Bertorelle, G. (2011). The complete mitochondrial genome of an 11,450-year-old aurochsen (Bos primigenius) from Central Italy. BMC Evolutionary Biology, 11(1), 32. https://doi.org/10.1186/1471-2148-11-32
Larson, G., & Burger, J. (2013). A population genetics view of animal domestication. Trends in Genetics, 29(4), 197– 205. https://doi.org/10.1016/j.tig.2013.01.003
Larson, G., Piperno, D. R., Allaby, R. G., Purugganan, M. D., Andersson, L., Arroyo-Kalin, M., Barton, L., Vigueira, C. C., Denham, T., Dobney, K., Doust, A. N., Gepts, P., Gilbert, T. M. P., Gremillion, K. J., Lucas, L., Lukens, L., Marshall, F. B., Olsen, K. M., Pires, C. J., … Fuller, D. Q. (2014). Current perspectives and the future of domestication studies. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111(17), 6139– 6146. https://doi.org/10.1073/pnas.1323964111
Leigh, J. W., & Bryant, D. (2015). popart: Full-feature software for haplotype network construction. Methods in Ecology and Evolution, 6(9), 1110– 1116. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12410
Leinonen, R., Sugawara, H., & Shumway, M. (2011). The sequence read archive. Nucleic Acids Research, 39(Database), D19– D21. https://doi.org/10.1093/nar/gkq1019
Lenardić Much, J., Sršen Oros, A., & Radović, S. (2018). Quaternary fauna of the Eastern Adriatic (Croatia) with the special review on the Late Pleistocene sites. Quaternary International, 494, 130– 151. https://doi.org/10.1016/j.quaint.2017.11.028
Li, H. (2011a). Improving SNP discovery by base alignment quality. Bioinformatics, 27(8), 1157– 1158. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr076
Li, H. (2011b). A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data. Bioinformatics, 27(21), 2987– 2993. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr509
Li, H., & Durbin, R. (2009). Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics, 25(14), 1754– 1760. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324
Li, H., Handsaker, B., Wysoker, A., Fennell, T., Ruan, J., Homer, N., Marth, G., Abecasis, G., & Durbin, R. (2009). The sequence alignment/map format and SAMtools. Bioinformatics, 25(16), 2078– 2079. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352
Loftus, R. T., MacHugh, D. E., Bradley, D. G., Sharp, P. M., & Cunningham, P. (1994). Evidence for two independent domestications of cattle. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 91(7), 2757– 2761. https://doi.org/10.1073/pnas.91.7.2757
Mannen, H., Tsuji, S., Loftus, R. T., & Bradley, D. G. (1998). Mitochondrial DNA variation and evolution of Japanese black cattle (Bos taurus). Genetics, 150(3), 1169– 1175. https://doi.org/10.1093/genetics/150.3.1169
Mannen, H., Yonezawa, T., Murata, K., Noda, A., Kawaguchi, F., Sasazaki, S., Olivieri, A., Achilli, A., & Torroni, A. (2020). Cattle mitogenome variation reveals a post-glacial expansion of haplogroup P and an early incorporation into northeast Asian domestic herds. Scientific Reports, 10(1), 20842. https://doi.org/10.1038/s41598-020-78040-8
Maude, H., Davidson, M., Charitakis, N., Diaz, L., Bowers, W. H., Gradovich, E., Andrew, T., & Huntley, D. (2019). NUMT confounding biases mitochondrial heteroplasmy calls in favor of the reference allele. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 7, 201. https://doi.org/10.3389/fcell.2019.00201
Mbole-Kariuki, M. N., Sonstegard, T., Orth, A., Thumbi, S. M., Bronsvoort, B. M. D. C., Kiara, H., Toye, P., Conradie, I., Jennings, A., Coetzer, K., Woolhouse, M. E. J., Hanotte, O., & Tapio, M. (2014). Genome-wide analysis reveals the ancient and recent admixture history of East African Shorthorn Zebu from Western Kenya. Heredity, 113(4), 297– 305. https://doi.org/10.1038/hdy.2014.31
McHugo, G. P., Dover, M. J., & MacHugh, D. E. (2019). Unlocking the origins and biology of domestic animals using ancient DNA and paleogenomics. BMC Biology, 17(1), 98. https://doi.org/10.1186/s12915-019-0724-7
McTavish, E. J., Decker, J. E., Schnabel, R. D., Taylor, J. F., & Hillis, D. M. (2013). New World cattle show ancestry from multiple independent domestication events. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 110(15), E1398– E1406. https://doi.org/10.1073/pnas.1303367110
Meadow, R. H. (1993). Animal domestication in the Middle East: a revised view from the eastern margin. Harappar Civilization.
Medugorac, I., Graf, A., Grohs, C., Rothammer, S., Zagdsuren, Y., Gladyr, E., Zinovieva, N., Barbieri, J., Seichter, D., Russ, I., Eggen, A., Hellenthal, G., Brem, G., Blum, H., Krebs, S., & Capitan, A. (2017). Whole-genome analysis of introgressive hybridization and characterization of the bovine legacy of Mongolian yaks. Nature Genetics, 49(3), 470. https://doi.org/10.1038/ng.3775
Miracle, P. (2007). The late glacial great adriatic plain’: Garden of Eden’ or No Man's Land' during the Epipalaeolithic? A view from Istria (Croatia). In R. Whallon (Ed.), Late paleolithic environments and cultural relations around the adriatic. BAR international series, ( 1716, pp. 41– 51). Archaeopres.
Mwai, O., Hanotte, O., Kwon, Y. J., & Cho, S. (2015). African indigenous cattle: Unique genetic resources in a rapidly changing world. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences, 28(7), 911– 921. https://doi.org/10.5713/ajas.15.0002R
Nabholz, B., Mauffrey, J. F., Bazin, E., Galtier, N., & Glemin, S. (2008). Determination of mitochondrial genetic diversity in mammals. Genetics, 178(1), 351– 361. https://doi.org/10.1534/genetics.107.073346
Olivieri, A., Gandini, F., Achilli, A., Fichera, A., Rizzi, E., Bonfiglio, S., Battaglia, V., Brandini, S., De Gaetano, A., El-Beltagi, A., Lancioni, H., Agha, S., Semino, O., Ferretti, L., & Torroni, A. (2015). Mitogenomes from Egyptian cattle breeds: new clues on the origin of haplogroup Q and the early spread of Bos taurus from the Near East. PLoS One, 10(10), e0141170. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0141170
Papachristou, D., Koutsouli, P., Laliotis, G. P., Kunz, E., Upadhyay, M., Seichter, D., Russ, I., Gjoko, B., Kostaras, N., Bizelis, I., & Medugorac, I. (2020). Genomic diversity and population structure of the indigenous Greek and Cypriot cattle populations. Genetics Selection Evolution, 52(1), 43. https://doi.org/10.1186/s12711-020-00560-8
Park, S. D., Magee, D. A., McGettigan, P. A., Teasdale, M. D., Edwards, C. J., Lohan, A. J., Murphy, A., Braud, M., Donoghue, M. T., Liu, Y., Chamberlain, A. T., Rue-Albrecht, K., Schroeder, S., Spillane, C., Tai, S., Bradley, D. G., Sonstegard, T. S., Loftus, J. B., & MacHugh, D. E. (2015). Genome sequencing of the extinct Eurasian wild aurochs, Bos primigenius, illuminates the phylogeography and evolution of cattle. Genome Biology, 16(1), 171. https://doi.org/10.1186/s13059-015-0790-2
Payne, W. J. A., & Hodges, J. (1997). Tropical cattle: origins, breeds and breeding policies. Blackwell Science Ltd.
Peng, M. S., Fan, L., Shi, N. N., Ning, T., Yao, Y. G., Murphy, R. W., Wang, W. Z., & Zhang, Y. P. (2015). DomeTree: A canonical toolkit for mitochondrial DNA analyses in domesticated animals. Molecular Ecology Resources, 15(5), 1238– 1242. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12386
Pérez-Pardal, L., Royo, L. J., Beja-Pereira, A., Chen, S., Cantet, R. J., Traoré, A., Curik, I., Solkner, J., Bozzi, R., Fernandez, I., Alvarez, I., Gutierrez, J. P., Gomez, E., Ponce de Leon, F. A., & Goyache, F. (2010). Multiple paternal origins of domestic cattle revealed by Y-specific interspersed multilocus microsatellites. Heredity, 105(6), 511– 519. https://doi.org/10.1038/hdy.2010.30
Pérez-Pardal, L., Sánchez-Gracia, A., Álvarez, I., Traoré, A., Ferraz, J. B. S., Fernández, I., Costa, V., Chen, S., Tapio, M., Cantet, R. J. C., Patel, A., Meadow, R. H., Marshall, F. B., Beja-Pereira, A., & Goyache, F. (2018). Legacies of domestication, trade and herder mobility shape extant male zebu cattle diversity in South Asia and Africa. Scientific Reports, 8(1), 18027. https://doi.org/10.1038/s41598-018-36444-7
Pinhasi, R., Fort, J., & Ammerman, A. J. (2005). Tracing the origin and spread of agriculture in Europe. PLoS Biology, 3(12), e410. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030410
Raftery, A. E., Newton, M. A., Satagopan, J. M., & Krivitsky, P. N. (2007). Estimating the integrated likelihood via posterior simulation using the harmonic mean identity. In J. M. Bernardo, M. J. Bayarri, & J. O. Berger (Eds.), Bayesian statistics (pp. 1– 45). Oxford University Press.
Rambaut, A., Drummond, A. J., Xie, D., Baele, G., & Suchard, M. A. (2018). Posterior summarization in Bayesian phylogenetics using Tracer 1.7. Systematic Biology, 67(5), 901. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032
Ristov, S., Brajkovic, V., Cubric-Curik, V., Michieli, I., & Curik, I. (2016). MaGelLAn 1.0: a software to facilitate quantitative and population genetic analysis of maternal inheritance by combination of molecular and pedigree information. Genetics Selection Evolution, 48(1), 65.
Robinson, J. T., Thorvaldsdóttir, H., Winckler, W., Guttman, M., Lander, E. S., Getz, G., & Mesirov, J. P. (2011). Integrative genomics viewer. Nature Biotechnology, 29(1), 24– 26. https://doi.org/10.1038/nbt.1754
Rozas, J., Ferrer-Mata, A., Sánchez-DelBarrio, J. C., Guirao-Rico, S., Librado, P., Ramos-Onsins, S. E., & Sánchez-Gracia, A. (2017). DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets. Molecular Biology and Evolution, 34(12), 3299– 3302. https://doi.org/10.1093/molbev/msx248
Schiavo, G., Bovo, S., Ribani, A., Kazemi, H., & Fontanesi, L. (2020). A comparative genome landscape of mitochondrial DNA insertions into two cattle nuclear genome versions. Animal Genetics, 51(1), 149– 151. https://doi.org/10.1111/age.12889
Schibler, J., Elsner, J., & Schlumbaum, A. (2014). Incorporation of aurochs into a cattle herd in Neolithic Europe: Single event or breeding? Scientific Reports, 4(1), 5798. https://doi.org/10.1038/srep05798
Senczuk, G., Mastrangelo, S., Ajmone-Marsan, P., Becskei, Z., Colangelo, P., Colli, L., Ferretti, L., Karsli, T., Lancioni, H., Lasagna, E., Marletta, D., Persichilli, C., Portolano, B., Sarti, F. M., Ciani, E., & Pilla, F. (2021). On the origin and diversification of Podolian cattle breeds: testing scenarios of European colonization using genome-wide SNP data. Genetics Selection Evolution, 53(1), 48. https://doi.org/10.1186/s12711-021-00639-w
Sharbrough, J., Havird, J. C., Noe, G. R., Warren, J. M., & Sloan, D. B. (2017). The mitonuclear dimension of Neanderthal and Denisovan ancestry in modern human genomes. Genome Biology and Evolution, 9(6), 1567– 1581. https://doi.org/10.1093/gbe/evx114
Sherratt, A. (1983). The secondary exploitation of animals in the Old World. World Archaeology, 15(1), 90– 104. https://doi.org/10.1080/00438243.1983.9979887
Sievers, F., Wilm, A., Dineen, D., Gibson, T. J., Karplus, K., Li, W., Lopez, R., McWilliam, H., Remmert, M., Söding, J., Thompson, J. D., & Higgins, D. G. (2011). Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. Molecular Systems Biology, 7(1), 539. https://doi.org/10.1038/msb.2011.75
Sinding, M. H. S., & Gilbert, M. T. P. (2016). The draft genome of extinct European aurochs and its implications for de-extinction. Open Quaternary, 2, 7. https://doi.org/10.5334/oq.25
Steffen, W., Richardson, K., Rockström, J., Cornell, S. E., Fetzer, I., Bennett, E. M., Biggs, R., Carpenter, S. R., de Vries, W., de Wit, C. A., Folke, C., Gerten, D., Heinke, J., Mace, G. M., Persson, L. M., Ramanathan, V., Reyers, B., & Sörlin, S. (2015). Planetary boundaries: Guiding human development on a changing planet. Science, 347(6223), 1259855. https://doi.org/10.1126/science.1259855
Stokstad, E. (2015). Bringing back the aurochs. Science, 350(6265), 1144– 1147.
Tamura, K., & Nei, M. (1993). Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Molecular Biology and Evolution, 10(3), 512– 526.
Troy, C. S., MacHugh, D. E., Bailey, J. F., Magee, D. A., Loftus, R. T., Cunningham, P., Chamberlain, A. T., Sykes, B. C., & Bradley, D. G. (2001). Genetic evidence for Near-Eastern origins of European cattle. Nature, 410(6832), 1088– 1091.
Upadhyay, M., Bortoluzzi, C., Barbato, M., Ajmone-Marsan, P., Colli, L., Ginja, C., Sonstegard, T. S., Bosse, M., Lenstra, J. A., Groenen, M. A. M., & Crooijmans, R. P. (2019). Deciphering the patterns of genetic admixture and diversity in southern European cattle using genome-wide SNPs. Evolutionary Applications, 12(5), 951– 963. https://doi.org/10.1111/eva.12770
Verdugo, M. P., Mullin, V. E., Scheu, A., Mattiangeli, V., Daly, K. G., Delser, P. M., Hare, A. J., Burger, J., Collins, M. J., Kehati, R., Hesse, P., Fulton, D., Sauer, E. W., Mohaseb, F. A., Davoudi, H., Khazaeli, R., Lhuillier, J., Rapin, C., Ebrahimi, S., … Bradley, D. G. (2019). Ancient cattle genomics, origins, and rapid turnover in the Fertile Crescent. Science, 365(6449), 173– 176.
Weldenegodguad, M., Popov, R., Pokharel, K., Ammosov, I., Ming, Y., Ivanova, Z., & Kantanen, J. (2019). Whole-genome sequencing of three native cattle breeds originating from the northernmost cattle farming regions. Frontiers in Genetics, 9, 728. https://doi.org/10.3389/fgene.2018.00728
Wright, E., & Viner-Daniels, S. (2015). Geographical variation in the size and shape of the European aurochs (Bos primigenius). Journal of Archaeological Science, 54, 8– 22. https://doi.org/10.1016/j.jas.2014.11.021
Wu, D. D., Ding, X. D., Wang, S., Wójcik, J. M., Zhang, Y. I., Tokarska, M., Yan, L., Wang, M. S., Faruque, O., Nielsen, R., Zhang, Q., & Zhang, Y. P. (2018). Pervasive introgression facilitated domestication and adaptation in the Bos species complex. Nature Ecology & Evolution, 2(7), 1139– 1145. https://doi.org/10.1038/s41559-018-0562-y
Xia, X. T., Achilli, A., Lenstra, J. A., Tong, B., Ma, Y., Huang, Y. Z., Han, J. L., Sun, Z. Y., Chen, H., Lei, C. Z., Hu, S. M., & Chen, N. B. (2021). Mitochondrial genomes from modern and ancient Turano-Mongolian cattle reveal an ancient diversity of taurine maternal lineages in East Asia. Heredity, 126(6), 1000– 1008. https://doi.org/10.1038/s41437-021-00428-7
Xia, X., Qu, K., Li, F., Jia, P., Chen, Q., Chen, N., Zhang, J., Chen, H., Huang, B., & Lei, C. (2019). Abundant genetic diversity of Yunling Cattle based on mitochondrial genome. Animals, 9(9), 641. https://doi.org/10.3390/ani9090641
Zaidi, A. A., & Makova, K. D. (2019). Investigating mitonuclear interactions in human admixed populations. Nature Ecology & Evolution, 3(2), 213– 222. https://doi.org/10.1038/s41559-018-0766-1
Zeder, M. A. (2006). Central questions in the domestication of plants and animals. Evolutionary Anthropology: Issues, News, and Reviews, 15(3), 105– 117. https://doi.org/10.1002/evan.20101
Zeuner, F. E. (1963). A history of domesticated animals. Hutchinson.
Zeyland, J., Wolko, L., Bocianowski, J., Szalata, M., Slomski, R., Dzieduszycki, A. M., Ryba, M., Przystalowska, H., & Lipinski, D. (2013). Complete mitochondrial genome of wild aurochs (Bos primigenius) reconstructed from ancient DNA. Polish Journal of Veterinary Sciences, 16(2), 265– 273. https://doi.org/10.2478/pjvs-2013-0037
Zhang, H., Paijmans, J. L., Chang, F., Wu, X., Chen, G., Lei, C., Yang, X., Wei, Z., Bradley, D. G., Orlando, L., O’Connor, T., & Hofreiter, M. (2013). Morphological and genetic evidence for early Holocene cattle management in northeastern China. Nature Communications, 4(1), 2755. https://doi.org/10.1038/ncomms3755
Zhang, R. C. (2000). Interspecies hybridization between yak, Bos taurus and Bos indicus and reproduction of the hybrids. In X. X. Zhao & R. C. Zhang (Eds.), Recent advances in yak reproduction. International Veterinary Information Service (http://www.ivis.org). Paper No. A1304.0900.