Glavni cilj ovog projekta je sekvenciranje cjelokupnog mitohondrijskog genoma (mtWGS) u 500 do 600 bikova ili krava (440 do 540 pripadaju istarskom govedu, govedu buša, slavonsko-srijemskom podolskom govedu i populaciji holsteina u Hrvatskoj). Cilj je: 1) identificirati polimorfna mjesta unutar mtWGS-a u genetski malim populacijama i analizirati (potvrditi) prisutnost selekcije za cijeli genom mitohondrija i za svaki pojedinačni gen (uspoređujući nesinonimne sa sinonimnim mutacijama); 2) identificirati potencijalno štetne mutacije i procijeniti štetno opterećenje u svim analiziranim populacijama; 3) razviti računalni pristup (skup algoritama) koji omogućava, u smislu vjerojatnosti, imputiranje sekvenciranih haplotipova mtWGS za ostale članove filogenetskog stabla, kao i isticanje životinja koje su pogrešno postavljene u filogenetskom stablu 4) identificirati mutacije povezane s fenotipskom varijabilnošću u proizvodnji mlijeka i svojstvima plodnosti te procjenu veličine učinaka mtWGS (haplotipova) u smislu komponenata varijance i 5) identificiarti specifične mutacije koje se mogu koristiti za genetsko barkodiranje vrsta i pasmina (to je od posebnog interesa za ugrožene populacije). U provođenju ovih sveobuhvatnih analiza koristit ćemo se novorazvijenim visokopropusnim metodama sekvenciranja i složenim računalnim analizama. Vjerujemo da će ovo istraživanje potaknuti druge istraživače koji se bave genetikom životinja i uzgojem drugih vrsta (pas, konj, svinja, zec itd.) na provođenje sličnih istraživanja. Štoviše, rezultati projekta koristit će se komercijalno i u uzgoju stoke i u upravljanju očuvanjem ugroženih hrvatskih pasmina. Istodobno se nadamo da će inovativna i tehnološki napredna komponenta ovog istraživanja dovesti do objavljivanja dobrih radova svih uključenih znanstvenika što će dodatno povećati našu konkurentnost prilikom prijavljivanja na projekte koje financira EU.
